TiDB 大规模删除实践

2022 年 7 月 11 日
本文字数：9731 字
阅读完需：约 32 分钟

作者： dbapower 原文来源：https://tidb.net/blog/b7a90f87

TiDB 集群大规模删除实践

一、背景

集群在写入了一定的时间后，是存在一些历史可以删除的数据的，为了对集群的空间释放，我和业务一并讨论和计划了待删除的表，但是在 drop 数据时发现集群 QPS 有抖动，duration 异常升高，经过排查发现触发了 compaction 的流控，导致业务的写入产生了积压。

集群配置

集群版本：v3.0.5集群配置：普通SSD磁盘，128G内存，40 核cputidb21 TiDB/PD/pump/prometheus/grafana/CCStidb22 TiDB/PD/pumptidb23 TiDB/PD/pumptidb01 TiKVtidb02 TiKVtidb03 TiKVtidb04 TiKVtidb05 TiKVtidb06 TiKVtidb07 TiKVtidb08 TiKVtidb09 TiKVtidb10 TiKVtidb11 TiKVtidb12 TiKVtidb13 TiKVtidb14 TiKVtidb15 TiKVtidb16 TiKVtidb17 TiKVtidb18 TiKVtidb19 TiKVtidb20 TiKVwtidb29 TiKVwtidb30 TiKV

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二、现象

我们首先收到了如下报警：

乍一看引起的报警问题还是蛮多的，但其实看本质和操作时间点，是在集群 drop 大批量数据后（本案例是 drop 近 30T 数据），且到经过 GC life time 后触发的，因此基本定位到主要是因为 drop 大批量表，GC 回收时导致的

看到 pending_task，write_stall 等报警，第一反应就是 GC 回收空间时占用 IO 导致了集群资源争用。

业务也发现积压和 OPS 抖动，duration 升高，如下图

三、排查步骤

根据以往经验，pending_task 和 stall 我们先看一下集群的繁忙状态：

果然，我们得到了预期的结果，集群在 drop 操作后爆出了 server is busy，官网关于 server is busy 有如下相关内容：

通过查看监控：Grafana -> TiKV -> errors 确认具体 busy 原因。在ERROR页面我们看到了server is busy 有峰值，这是 TiKV 自身的流控机制，TiKV 通过这种方式告知 tidb/ti-client 当前 TiKV 的压力过大，稍后再尝试，本案例是因为大批量drop导致的busy。
同时，我们发现告警中包含了write_stall，关于write stall，一个 TiKV 包含两个 RocksDB 实例，一个用于存储 Raft 日志，位于 data/raft。另一个用于存储真正的数据，位于 data/db。通过 grep "Stalling" RocksDB 日志查看 stall 的具体原因。• level0 sst 太多导致 stall，可以添加参数 [rocksdb] max-sub-compactions = 2（或者 3），加快 level0 sst 往下 compact 的速度。该参数的意思是将从 level0 到 level1 的 compaction 任务最多切成 max-sub-compactions 个子任务交给多线程并发执行，这个我们现在开的是4。• pending compaction bytes 太多导致 stall，磁盘 I/O 能力在业务高峰跟不上写入，可以通过调大对应 Column Family (CF) 的 soft-pending-compaction-bytes-limit 和 hard-pending-compaction-bytes-limit 参数来缓解：• 如果 pending compaction bytes 达到该阈值，RocksDB 会放慢写入速度。默认值 64GB，[rocksdb.defaultcf] soft-pending-compaction-bytes-limit = "128GB"。• 如果 pending compaction bytes 达到该阈值，RocksDB 会 stop 写入，通常不太可能触发该情况，因为在达到 soft-pending-compaction-bytes-limit 的阈值之后会放慢写入速度。默认值 256GB，hard-pending-compaction-bytes-limit = "512GB"。• 如果磁盘 IO 能力持续跟不上写入，建议扩容。如果磁盘的吞吐达到了上限（例如 SATA SSD 的吞吐相对 NVME SSD 会低很多）导致 write stall，但是 CPU 资源又比较充足，可以尝试采用压缩率更高的压缩算法来缓解磁盘的压力，用 CPU 资源换磁盘资源。• 比如 default cf compaction 压力比较大，调整参数 [rocksdb.defaultcf] compression-per-level = ["no", "no", "lz4", "lz4", "lz4", "zstd", "zstd"] 改成 compression-per-level = ["no", "no", "zstd", "zstd", "zstd", "zstd", "zstd"]。

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其实手册里已经写得很详细了，上面关于 write stall 的多个处理方式都是可以借鉴的。

我们在日志中发现了如下内容：

2020/06/30-12:36:33.758200 7f3586fff700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 69565867323 rate 134217672020/06/30-12:36:34.692021 7f359727e700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 69653348050 rate 107374132020/06/30-12:36:34.692218 7f3597e7f700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 69653348050 rate 85899302020/06/30-12:36:35.767359 7f35887fd700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 69556916359 rate 107374122020/06/30-12:36:36.668152 7f35853ff700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 69372668753 rate 134217652020/06/30-12:36:36.668323 7f3587dfc700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 69372668753 rate 107374122020/06/30-12:36:37.834539 7f359727e700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68959655469 rate 134217652020/06/30-12:36:37.834705 7f35965ff700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68959655469 rate 107374122020/06/30-12:36:37.834780 7f35861fe700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68959655469 rate 85899292020/06/30-12:36:37.834845 7f3586fff700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68959655469 rate 68719432020/06/30-12:36:37.834912 7f3597e7f700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68959655469 rate 54975542020/06/30-12:36:39.076138 7f35887fd700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68881689347 rate 68719422020/06/30-12:36:40.659559 7f3587dfc700 [WARN] [db/column_family.cc:823] [write] Stalling writes because of estimated pending compaction bytes 68785639852 rate 8589927

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这里日志很明显是因为 compaction 到达了阈值限制，引发流控，进一步导致业务写入产生了积压。

监控里也能看到相关超阈值的情况：

这里可以看到 max 到了 270

这里可看出和 drop 后经过 gc lifetime 的时间是吻合的，11:35 完成了 drop 操作，经过了 gc life time 周期之后（这个集群是默认的 10m），11:45 出现了异常。

这里能看出 compaction 相关的监控增长非常明显，compaction pending bytes 也能看出超出了阈值。

我们通过 tikv-ctl 来对所有 kv 的进行在线配置，临时调高其阈值，来避免因为流控引发的业务写入积压问题。 soft_pending_compaction_bytes_limit 默认 64G,hard_pending_compaction_bytes_limit 默认 256GB。关于这两个参数的含义，上文已经有做说明，当超过阈值时，主要是 RocksDB 的写入速度会受到影响。

./tikv-ctl --host=tidb01:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb02:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb03:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb04:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb05:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb06:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb07:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb08:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb09:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb10:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb11:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb12:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb13:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb14:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb15:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb16:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb17:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb18:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb19:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb20:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=wtidb29:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=wtidb30:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB



./tikv-ctl --host=tidb01:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb02:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb03:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb04:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb05:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb06:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb07:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb08:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb09:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb10:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb11:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb12:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb13:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb14:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb15:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb16:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb17:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb18:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb19:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb20:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=wtidb29:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=wtidb30:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n write.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB




./tikv-ctl --host=tidb01:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb02:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb03:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb04:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb05:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb06:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb07:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb08:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb09:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb10:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb11:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb12:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb13:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb14:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb15:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb16:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb17:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb18:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb19:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=tidb20:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=wtidb29:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB./tikv-ctl --host=wtidb30:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.soft_pending_compaction_bytes_limit -v 256GB

./tikv-ctl --host=tidb01:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb02:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb03:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb04:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb05:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb06:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb07:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb08:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb09:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb10:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb11:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb12:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb13:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb14:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb15:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb16:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb17:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb18:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb19:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=tidb20:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=wtidb29:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB./tikv-ctl --host=wtidb30:20160 modify-tikv-config -m kvdb -n default.hard_pending_compaction_bytes_limit -v 512GB29

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改完后能看到 QPS 稳定了，之后逐渐恢复正常，同时 write stall 消失：

各类异常报警也恢复了正常

等待 compaction 峰值小时后，要记得调回默认值，否则会导致 compaction 下不去，这时候占用空间会比较大。

四、相关知识点

开启 Region Merge

从 TiDB v3.0 开始，Region Merge 默认开启。本案例中的集群版本是3.0.5，默认就开启了。drop table 后会有空 region ，会增加 raftstore 心跳的负载，通过开启 Region Merge 能减少 Region 的个数。与 Region Split 相反，Region Merge 是通过调度把相邻的小 Region 合并的过程。在集群中删除数据或者执行 Drop Table/Truncate Table 语句后，可以将小 Region 甚至空 Region 进行合并以减少资源的消耗。通过 pd-ctl 设置以下参数即可开启 Region Merge：pd-ctl config set max-merge-region-size 20pd-ctl config set max-merge-region-keys 200000pd-ctl config set merge-schedule-limit 8

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相关配置介绍

调度相关的配置项。max-merge-region-size• 控制 Region Merge 的 size 上限，当 Region Size 大于指定值时 PD 不会将其与相邻的 Region 合并。• 默认: 20max-merge-region-keys• 控制 Region Merge 的 key 上限，当 Region key 大于指定值时 PD 不会将其与相邻的 Region 合并。• 默认: 200000split-merge-interval• 控制对同一个 Region 做 split 和 merge 操作的间隔，即对于新 split 的 Region 一段时间内不会被 merge。• 默认: 1h

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加速 merge 操作速度

Region Merge 速度慢也很有可能是受到 limit 配置的限制（merge-schedule-limit 及 region-schedule-limit），或者是与其他调度器产生了竞争。具体来说，可有如下处理方式：• 假如已经从相关 Metrics 得知系统中有大量的空 Region，这时可以通过把 max-merge-region-size 和 max-merge-region-keys 调整为较小值来加快 Merge 速度。这是因为 Merge 的过程涉及到副本迁移，所以 Merge 的 Region 越小，速度就越快。如果生成 Merge Operator 的速度很快，想进一步加快 Region Merge 过程，还可以把 patrol-region-interval 调整为 "10ms" ，这个能加快巡检 Region 的速度，但是会消耗更多的 CPU 资源。• 创建过大量表后（包括执行 Truncate Table 操作）又清空了。此时如果开启了 split table 特性，这些空 Region 是无法合并的，此时需要调整以下参数关闭这个特性：• TiKV: split-region-on-table 设为 false，该参数不支持动态修改。• PD:• key-type 设为 txn 或者 raw，该参数支持动态修改。• key-type 保持 table，同时设置 enable-cross-table-merge为 true，该参数支持动态修改。注意：如果删除了很多数量的 table ，才需要修改上述参数，只删除一个表或者量级很少就不需要开。在开启 placement-rules后，请合理切换 txn和 raw，避免无法正常解码 key。• 对于 3.0.4 和 2.1.16 以前的版本，Region 中 Key 的个数（approximate_keys）在特定情况下（大部分发生在删表之后）统计不准确，造成 keys 的统计值很大，无法满足 max-merge-region-keys 的约束。你可以通过调大 max-merge-region-keys 来避免这个问题。

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大批量删除注意事项

在删除大量数据的时候，建议使用 Delete * from t where xx limit 1000; 这样的方案，通过循环来删除，用 Affected Rows == 0 作为循环结束条件。如果一次删除的数据量非常大，这种循环的方式会越来越慢，因为每次删除都是从前向后遍历，前面的删除之后，短时间内会残留不少删除标记（后续会被 GC 清理掉），影响后面的 Delete 语句。所以可以考虑分区表和物理分表，我们这边测试发现物理分表的性能高于分区表，因此最终没有采用分区表的方式。

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流控

TiKV 在 3.0.6 版本开始支持 GC 流控，可通过配置 gc.max-write-bytes-per-sec 限制 GC worker 每秒数据写入量，降低对正常请求的影响，0 为关闭该功能。该配置可通过 tikv-ctl 动态修改：
tikv-ctl --host=ip:port modify-tikv-config -m server -n gc.max_write_bytes_per_sec -v 10MB

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五、总结

通过本文，希望能帮助您了解到 TiDB 在删除大批量数据时应该注意的问题，并提前进行规避，以及整个排查问题的思路，后续有相关大批量删除的新注意事项，也欢迎您随时提出，我会对文章进行补充，谢谢。

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原文链接:【http://xie.infoq.cn/article/fcd6c71298c09e9eaa8f4eba5】。文章转载请联系作者。

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