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开源大数据 Meetup 回顾 | 第四范式:现代存储架构下的系统优化实践

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发布于: 2021 年 08 月 27 日

8 月 21 日,白玉兰开源联合示说网主办的“开源大数据技术线上 meetup”特邀约大数据领域的前沿技术专家,就大数据存储的关键技术、挑战和当前应用展开交流讨论,阵容强大、内容全面。第四范式体系架构科学家,高性能计算 Team leader 卢冕,一直专注于研发在异构架构下的系统优化实践和探索,我们根据卢冕讲师的现场分享《现代存储架构下的系统优化实践》,整理成以下内容。

一、前言

随着存储技术的发展,现代存储架构呈现出了前所未有的分级复杂性和功能上的革命(比如内存数据持久化),因此也对上层软件如何优化提出了新的挑战。

本次分享基于我们的实践经验,从现代存储架构的概念、特征工程数据库在 PMem 上的优化、基于分级存储架构的 Kafka 优化、MemArk 技术社区这四个方面出发,演示如何在现代存储架构下,通过创新性的技术,比如持久化内存数据结构、分级存储、冷热数据分离等技术进行系统优化,以利用现代存储架构的特性。

一、现代存储架构

首先着眼于关键存储技术:硬件技术、软件技术,在此可划分成外存和内存。

1 外存

例如 SSD、硬盘,即数据可以在该设备上持久化。1956 年已出现机械硬盘,NAND Flash 在 1989 年开始首个专利申请。如今,Flash 已经发展迅猛、应用广泛,例如 B+tree 数据库系统在 1973 年已繁荣发展。

2 内存

直接将数据存储并且读写较快,但是掉电会造成数据丢失。内存的典型技术,例如 SRAM、DRAM,其中 SRAM 用于 CPU 的 cache,DDR、GDDR 普遍应用于计算机。由于追求高性能、高吞吐,特异化的内存技术应运而生,例如,HBM2、GDDR6,上述都是高带宽、高吞吐的内存形态,在家用机器上运用较少,较多运用在数据中心和大密度计算。

在 2015 年,数据可持久化和高性能易失性内存出现在交汇融合,非易失性内存技术由此进入大众视野。该技术是存储架构的革命性变化。

3 非易失性内存技术

2015 年,英特尔和镁光在工业界共同提出了 3D XPoint,目的是为了把非易失性内存技术落实到工业界,而不是仅限于学术界的模拟研究和讨论。

2018 年,英特尔把非易失性内存技术实现了商业化,推出了傲腾持久内存,这意味着非易失性内存真正实现了落地,能围绕商业化产品去做工业级应用,而不是止步于纸上谈兵。



4 现代存储架构金字塔

Computer Science 课本中也会碰到过存储架构金字塔,其组织架构较简单。在课本上,底层是硬盘,中间是 DRAM 或者叫内存,上面是 cache。实际上,今天工业界存储架构金字塔已经演化得非常复杂,它不再是课本上简单的两三级结构,已演化到六七级,此处还不包括异构算力所带来的存储架构。

如图:金字塔下面蓝色部分具有持久性,上面红色部分是存储介质。最特殊的是,中间部分非易失性内存或者持久内存商品,这一部分在金字塔用两种不同颜色已标注。内存数据的持久化特性具有革命性,是现今存储架构的显著特点。



5 非易失性内存

下图就是英特尔推出的傲腾持久内存(PMem)第一代和第二代。该内存条和普通的内存条没太大区别,可直接插在 server 上的内存插槽里,但只能匹配英特尔 CPU。



傲腾持久内存的显著特点:

·大容量:单根容量可达到 512 GB,在 server 上很容易把它配到 T 级别的容量,即 1.5T 或 3T 容量的 PMem 服务器配置。

·低成本:单位价格即每 GB 成本比普通 DRAM 低。如果从 server 角度去思考问题,例如,如果用 DRAM 去跑 3T 的应用,可能至少要七八台机器;如果用 PMem 机器去跑,它只需要一台机器。从机器数量和运营成本节省角度而言,低成本特征显著。

·高性能持久化:内存数据持久化。把传统软件中的内存数据做持久化,具有快速恢复的意义。此外,也可作为存储,其性能相比较于 HDD、SSD,性能优势明显。

持久内存的工作模式:Memory Mode,即内存模式,持久内存直接插到 server 上,对应用程序是黑盒化的。整个 server 容量会变成持久内存的容量,DRAM 会变成持久内存的一层 cache。内存容量就是整个 PMem 的容量,应用程序不需要修改代码便可直接使用,直接享受大容量低成本的好处。但是这种模式可能会造成几个问题,存储架构的层级对程序员透明,程序员无法精确操控存储架构层级,从而无法去做细粒度优化,例如 cache 层级优化。为了克服以上问题,推了 APP Direct Mode。在 APP Direct Mode,可以看到从 PMem 到 DRAM 内存整个存储层级完全暴露在程序员视角下,程序员可以根据它的应用去做定制化优化,也能享受到持久化所带来的好处。

综上所述,现代存储架构的特点:分级存储架构复杂且丰富。现今存储层级已达 5-7 层,这会让大众在容量、性能和成本之间权衡利弊,即在容量、性能、成本之间取舍。挑战在此也迎面而来,即做优化。引入分级存储、分级持久化等分级缓存算法来更好地做系统优化。

在此强调的是:内存数据持久化,这是革命性功能。如果把 PMem 当做内存使用,一旦机器掉电或者程序崩溃,只要做好了持久化工作,在下次重新上电时,数据还是会持久化在内存中。优势就是内存数据的快速恢复。现实生活中,像线上服务,如果节点离线,数据要从外存或者从网络中重新拉回来做内存数据的构建,这非常影响线上服务质量。因为线上服务不允许长时间离线,若用持久内存,它就会持久化。在掉线以后,该线上节点恢复。基于此,对现在传统软件最大挑战是需要做持久化编程模型。

总而言之,分级存储架构和内存数据持久化,需要做一些传统软件的系统优化。



PMem 在学术界非常火热,今年在丹麦举行的国际顶级数据库学术会议 VLDB 就有两个专门收录 PMem 相关论文的 research sessions,共有 8 篇 paper,出现了井喷。这些 paper 有工业界的影子,例如第一篇论文是做 SSD 的厂商。从工业界的角度来看,加之英特尔的推介,包括像第四范式、阿里巴巴也在做积极探索。在工业界,在接下来的 1-2 年内,PMem 会普遍进入数据中心采购名单,会迎来非常大规模应用热潮。



6 第四范式在现代存储架构上一些技术实践

对内:面向 AI 流程的优化。这里有两种用法:Memory Mode(为了低成本扩容)和 HyperPS(针对推理的参数服务器)。

对外:除了对内部产品优化,也开始对外开源,目的是把核心技术往外推,让更多企业开发者能够意识到异构多级存储、现代存储架构上带来的优化工作,也可以推进持久内存的普及。

对内+对外:(已开源工作)。VLDB 2021:主要是针对特征工程数据库,做基于 PMem 的优化,核心持久化跳表即将合入 PMDK 核心库,这在国内是领先的。基于 Pafka 的 Kafka 优化:10x 性能提升,且无需修改代码。还有一些打算开源、正在开发中的工作,例如 OpenEmbedding,就是针对训练的参数服务器,它是和 TensorFlow 整合,方便快捷,包括向量、Elasticsearch、PMemStore、OpenMLDB,OpenMLDB 就是已经开源的特征工程数据库。这两者整合起来,会在明年进行开源。另一方面,第四范式和英特尔也在打造代化存储架构的技术社区 MemArk。



7 面向 AI 全流程的异构存储优化

从第四范式的产品角度看,主要包含了离线训练和在线推理。在离线训练中,对内存消耗量会特别高,所以会做低成本扩容工作,使用 PMem 做内存扩容。在线推理中,因为它对性能要求高,有持久化需求,所以会用 AD Mode 在参数服务器、特征功能数据库、消息队列方面去做优化。

PMem 具体如何使用?其实是取决于实际情况去做优化。



二、特征工程数据库在 PMem 上的优化

下图讲了特征工程数据库用在哪里。



从第四范式的角度,它大部分用于决策场景。例如,反欺诈、反洗钱以及推荐系统。

如下图,左边是 Off-line Training,右边是 On-line Inference。那么 Off-line Training 的特征在哪里?其实就在这 OpenMLDB, 当在线请求产生一条数据记录时,它就会去做一个实时的特征抽取,产生额外的有用的特征,然后这个特征抽取会为 On-line Inference 系统去做模型推理,所以它是在线场景下关键组件。因为它是在线系统,所以它有强的时间限制,延时不能太高。在此,我们更关注于 OpenMLDB 怎么去做性能优化以及做持久内存优化。



接下来着重介绍什么是特征(features)。特征在决策类场景中非常重要,一般从在线请求中产生的数据并不能直接去用来做推理,而是需要进一步做特征抽取。例如,我们需要拿到当前交易产生之前 10 秒、1 分钟、5 分钟内产生的交易做多的商店信息,这些都是通过实时的特征抽取拿到的而不能提前计算出来。所以这些基于时间窗口的实时特征抽取,就是在线特征工程。



Future Extraction 会有挑战:

第一,它大部分的特征不能被提前算好,例如一个交易,要算当前这个点往前推的时间窗口里面的信息,可能一分钟或者一小时或者几天的时间信息。这跟当前发生的时间状态是有关系的,所以不能去做提前处理。

第二,特征抽取会基于很多个时间窗口,计算量会比较高。

第三,此时会有很多特征产生,为了做在线推理,传统商业数据库并不能满足需求,一个是随着时间窗口的增长,Latency 会增长得非常快,那么它性能很快就会超过几十个 milliseconds,这可能会影响到线上服务质量,这种情况下它就不符合线上服务需求。

综上所述,我们需要去开发一个专门面向人工智能决策场景的特征工程数据库。



在这个大背景下,对于第四范式而言,OpenMLDB 的设计包含两方面:第一,它提供 FEQL 引擎,FEQL 引擎提供了 FEQL 语法,FEQL 语法类似于 SQL-like language。但是它可以更好地支持,比如基于时间窗口的特征抽取。第二,从存储引擎角度来讲,使用了双层跳表结构,去支持专门为时间窗口查询来做一些优化



FEQL 语法与 SQL 基本相似。除了有如 Time_Window 比较特殊的、专门给时间窗口查询做的语法,也会针对此类语法做优化。



底层的存储引擎结构是双层的 Skiplist。



基于这些优化,OpenMLDB 它本身相比较于其他的 database,就具有非常大的性能优势。同样与前面的 DB-X、DB-Y 相比,性能优势非常大,它性能上的 Latency,延迟能符合线上服务的需求。



基于 OpenMLDB,我们 DRAM 版本的 OpenMLDB 也看到两大痛点:

第一,是因为 OpenMLDB 是为了线上推理用的,线上推理为了达到高性能的一般数据和索引都会放在内存当中,为了能够及时响应,这对内存需求会特别高。运用一个实际的银行反欺诈业务场景,这里只有三个月的数据量,该数据可能需要占用 10TB,如果用普通 DRAM 去搭建,成本很高。而且部分客户反映,他们并不是为了性能而去扩展设备数量、机器资源,而只是为了能兜住内存容量,他们需要配备可能十几台机器,才能去兜住 OpenMLDB。

第二,OpenMLDB 都有把 data 通过 snapshot 或者 binlog 这种方式,也就是 Sync 到磁盘、外部存储,去做数据备份。那么当这个操作发生时,它就会对延迟性能带来很大影响。因为大部分操作都会在内存中,但是当 Sync 操作发生时,就会涉及到磁盘,由此产生长尾的延迟效应。

OpenMLDB 是为了在线服务所设计的,需要保证线上服务质量,不允许线上的节点过长时间离线。在这种背景下,如果节点离线,则需要从网络磁盘中去重新拉回来去构建内存数据,由此恢复的时间会比较长。



因此,在该种情况下需要用 PMem 优化 OpenMLDB

PMem 的用法有多种:数据和 index 放在 DRAM,log Snapshot 存在外存。其中最简单的用法是把 PMem 当成 memory mode,这种用法可以通过大容量解决成本问题,但无法享受内存数据持久化带来的快速恢复优势。

所以需要进一步通过 AD mode 做 OpenMLDB 优化,在这种优化情况下,整个系统数据库架构将发生改变,DRAM 版本的 OpenMLDB,需要将 log Snapshot 持久化到外部存储上。

在这种模式下,由于整个内存具有持久化功能,所以不需要将数据持久化到外存上。内部的 Skiplist 跳表数据结构具有持久化功能,数据会整体持久化在内存中。

显然,这有诸多优势,第一,没有 Sync 的过程。第二,掉电后数据会立即从内存中恢复,无需漫长的时间恢复



然而,这会遇到一个问题:如何保证持久化、语义的正确性和高效性

其中最主要问题就是做 Compare-And-Swap 操作,在很多系统中去做无锁的并发情况,其实在 OpenMLDB 里面也应用。在 PMem 环境下,CAS 操作其实并不具有持久化语义。在多线程情况下,它会对 Data inconsitency 造成问题。

举个例子,第一个 Thread 进行 Compare-And-Swap 操作,第二个 Thread 基于计算出来的 t 值做特征工程计算,然后把计算出来的特征进行 flush。t1 的值本来也应该被 flush 到 PMem,但可能在这个点掉电或者程序崩溃。在这种情况下,f1 计算出来的特征被刷到了持久内存当中,然而原来的数据 t1 反而没有,这就造成了 data inconsistency。



为了解决 Compare-And-Swap 问题,提出了 Persistent-Compare-And-Swap。解决的思路是进行 flush on read 操作,每次做 read 时都去做持久化操作,能从根本上解决正确性问题。但是它会引入比较大的 overhead,因为对每一个 read 都进行 flush 显然不对,某些 read 根本无需这样做。

在此情况下,本文引入 smart pointer 技术,即智能指针。在 x86 的架构上,内存地址要求八字节对齐,指针所指向的地址的最后三位一直是 0。将三位的最后一位作为 dirty 的 flag,用于标记数据是否已被 flush,如果已被 flush,就无需再做 flush 操作。基于该技术,可以做 persistent 操作,同时避免无效的、多余的、多次的 flush 持久化操作。



对于 FEDB,本文使用真实的银行反欺诈数据,数据共有 10TB,这里是一些优化过的不同版本。(在 Paper 里面称 FEDB,开源以后叫 open MLDB,所以表格里还是 FEDB。)

首先,从性能角度来看,相较于这些传统的这种数据库,不管是 DRAM 版本的 FEDB 还是 PMem 版本的 FEDB,都会达到相当好的性能。



基于 PMem 版本优化有诸多优势:

一是 long tail latency 方面。黄色柱子和蓝色柱子分别代表了 DRAM 版本和典型的 PMem 版本,在 TP-99999 标准下的 long tail latency,大概有 20%的性能改进。

二是 recovery time 方面。基于 DRAM 需要 6 个小时才能完成一个完整的镜像恢复,但如果基于内存做持久化 OpenMLDB,只需一分钟就能从内存重新恢复。其次,从 CPU 的角度来看,节省了一半左右的成本投入。



三、基于分级存储架构的 Kafka 优化

Kafka 广泛用于大数据处理、人工智能,主要用于消息传输日志的搜集。Kafka 架构具有高性能、高可扩展、高可用的特性。然而,由于它的 logo 文件需要做持久化,所以当压力上来时,无论是 latency 还是 super 都会受限于存储设备。

Pafka 是 Kafka 的优化版本,Pafka 版本在存储方面进行了优化。首先,由于整体上基于 Kafka 架构,所以客户业务代码是零迁移成本,他们无需做任何改造,即可零成本迁移到 Kafka 平台上,使用持久内存的 Pafka 可当做持久设备。它可打破性能瓶颈,在成本和性能上都有大幅度的提升。



从具体实现角度来讲,本来是通过这个文件 channel 去存储到外部存储 HDD 或者 SSD 上,现在是通过 PMDK 将 Kafka 的 broker 和 SEGMENT 的存储,,将它赋能为可存储在 PMem 上。

在此,引入 MixChannel 的概念,它不仅可存储在单一介质,还可以存储在 PMem 或者存储在第二级的外存上。例如,考虑到 PMem 的容量比较小,可以同时用 PMem 和 SSD 或者 HDD。

怎样把容量都用起来,保证一定的性能优势?在此引入分级存储的概念,然后引入数据迁移策略,将冷热数据分开存储,希望大部分热数据的读写能落到 PMem 上,冷数据落到速度比较慢的存储设备上。这个特性会在 0.2.0 版本中引入,在这个月底或者下个月初发布。现在的 0.1.1 版本全部存在 PMem 上。



0.1.1 版本使用 PMem 做整个 Kafka 的性能兜底,是性能优化的表现。相比于 HDD 或者 SSD,它具有非常大的性能优势,例如 SATA SSD,可以达到将近 20 倍的性能改善。



Pafka 工作是下半年的重点工作,目前 0.1.1 版本已经开源,可以去试用,包括跟其他 partner 的合作,也已开始测试性能。0.1.1 版本引入了 PMem 作为持久化介质,但并没有真正引入分级存储的概念。在 0.2.0 版本,会引入分级存储和数据迁移机制,能够在性能和容量上达到权衡,希望在数据量要求比较大的场景下,也能达到加速效果。



四、MenArk 社区

该社区由第四范式主导创立,英特尔是赞助者之一。MenArk 社区主要关注先进的存储架构技术,基于现代化存储架构为一些流行的开源软件做系统性优化。例如,Kafka、数据库系统、社区,将来都会去做优化工作。MenArk 社区是一个开放性社区,欢迎合作伙伴的加入。同时,在此可以查看开源项目,主要包括:Kafka、OpenMLDB、PMems。



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