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Sentieon

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文献解读 -Unifying comprehensive genomics and transcriptomics in individual cells to illuminate oncogenic and drug resistance mechani

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11-19

ResolveOME为研究单细胞水平的基因调控机制提供了新的有力工具,有助于更好地理解肿瘤进展和耐药性的分子机制。这种方法不仅深化了对癌症生物学的认识,还为开发更精准的个体化治疗策略提供了重要依据。

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文献解读 -DNAscope: High accuracy small variant calling using machine learning

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11-12

在这项研究中,研究组证明了DNAscope在不同样本和不同覆盖度水平下都能达到比DNAseq更高的准确性。DNAscope结合了GATK's HaplotypeCaller中使用的成熟数学和统计模型,以及用于变异基因型分析的机器学习方法,在保持计算效率的同时实现了卓越的准确性。

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Sentieon 软件快速入门指南

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11-07

Sentieon软件为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案,其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下,大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精

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文献解读 -Sentieon DNAscope LongRead – A highly Accurate, Fast, and Efficient Pipeline for Germline Variant Calling from PacBio HiFi

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10-28

PacBio® HiFi 测序是第一种提供经济、高精度长读数测序的技术,其平均读数长度超过 10kb,平均碱基准确率达到 99.8% 。介绍了一种准确、高效的 DNAscope LongRead 管道,用于从 PacBio® HiFi 读数中调用胚系变异。

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「毅硕|生信教程」 micromamba:mamba 的 C++ 实现,超越 conda

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10-24

发现了micromamba(micromamba是mamba包管理器的小型版本,采用C++实现,具有mamba的核心功能,且体积更小,可以脱离conda独立运行,更易于部署),再也不用因为生信软件的安装配置而烦恼抓狂过。

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Sentieon | 应用教程:Sentieon 分布模式

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07-15

本文档描述了如何利用Sentieon®基因组学工具的分片能力将DNAseq®流程分布到多台服务器上;将其他流程(如TNseq®)进行分布遵循相同原则,因为所有Sentieon®基因组学工具都具有相同的内置分布式处理能力。

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