关键词：基因编辑；基因测序；变异检测；

文献简介

• 标题（英文）：Listeria monocytogenes personalized cancer vaccines drive therapeutic immune responses to cancer derived neoantigens

• 标题（中文）：李斯特菌个体化肿瘤疫苗驱动肿瘤新抗原的免疫治疗

• 发表期刊：bioRxiv

• 作者单位：Amgen 公司

• 发表年份：2020

• 文章地址：https://doi.org/10.1101/2020.05.11.088930

图 1 文献简介

癌症免疫治疗领域的最新进展已确定 CD8+ T 细胞对肿瘤特异性突变的反应是肿瘤消退和总生存的关键驱动因素。ADXS-NEO 是一种基于李斯特菌（Lm）的个性化免疫疗法，旨在靶向患者的突变衍生肿瘤特异性新抗原。

该研究通过对 MC38 小鼠肿瘤细胞系的全外显子组测序鉴定出 2870 个独特的非同义突变。使用 netMHCcons 算法预测 137 种潜在的新抗原。通过肽免疫后进行 ELISPOT 或检查点抑制剂治疗后识别新抗原肽的 CD8+T 细胞的存在来验证 20 种免疫原性新抗原。

测序流程

在配对样本数据分析部分，研究者使用 Sentieon 软件进行去重复、INDEL 重比对、BQSR 及使用 Sentieon TNseq 模块进行 somatic 突变检测。

图 2 Sentieon 的作用

图 3 Sentieon TNseq 的流程图

图 4 MC38 癌细胞系新抗原的免疫原性筛选

Sentieon 软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。 截至 2023 年 3 月份，Sentieon 已经在全球范围内为 1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如 NEJM、Cell、Nature 等广泛引用，引用次数超过 700 篇。此外，Sentieon 连续数年摘得了 Precision FDA、Dream Challenges 等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。

文献讨论

图 5 文献讨论

这项研究展示了 ADXS-NEO 新抗原癌症疫苗在克服癌症免疫治疗两大主要挑战方面的潜力。通过使用临床前小鼠肿瘤模型，研究证实 ADXS-NEO 能够产生强大的新抗原特异性 T 细胞反应，并将"冷"肿瘤微环境转变为"热"。作为一种基因工程改造的单核细胞李斯特菌疫苗，ADXS-NEO 每个构建可靠定多达 40 个潜在新抗原，在 MC38 肿瘤模型中引发强大 T 细胞反应。系统给药后，它能驱动促炎性先天和适应性免疫，减弱肿瘤内的免疫抑制细胞（如调节性 T 细胞、髓系来源抑制细胞和 M2 型肿瘤相关巨噬细胞），同时产生效应αβ/γδ肿瘤浸润 T 细胞和 M1 型巨噬细胞。这些结果表明 ADXS-NEO 是一个有前景的个性化免疫治疗平台，能够同时驱动针对多个新抗原的效应 T 细胞反应和激活先天免疫细胞，最终产生针对肿瘤衍生新抗原的强大和长效免疫反应。

总结

综上所述，研究表明，ADXS-NEO 是一种有效的免疫疗法，能够驱动针对肿瘤特异性突变的免疫反应，并导致小鼠肿瘤得到控制。