Sentieon | 每周文献 -Clinical Trial- 第十一期

临床试验系列文章-1

• 标题（英文）：Investigation of product-derived lymphoma following infusion of piggyBac-modified CD19 chimeric antigen receptor T cells

• 标题（中文）：输注 piggyBac 修饰的 CD19 CAR-T 细胞后产物衍生性淋巴细胞瘤的研究

• 发表期刊：Blood

• 作者单位：澳大利亚悉尼维斯米德医院等

• 发表年份：2021

• 文章地址：https://doi.org/10.1182/blood.2021010858
  

CAR T 细胞在复发和难治性 B 细胞恶性肿瘤中显示出显著的疗效。目前，大多数在使用的 CAR T 细胞产品都是使用逆转录病毒和慢病毒载体制造的。基因改造具有诱变的风险。由于病毒载体的成本和有限的转基因能力，研究者使用 piggyBac 转座子系统设计了一个 CAR T 细胞生产方案，并在临床 I 期实验中发现的 2 例恶性转化病例进行了研究。通过流式细胞检测、AbSeq 免疫表型分析、流式细胞分选、TCR 分析、中靶和脱靶分析、插入位点分析、转基因拷贝数分析、全基因组测序及全转录组测序分析等对恶化患者进行了系统性研究。研究结果表明，淋巴细胞瘤恶化患者显示出高转基因拷贝数，但没有插入到已报到的经典癌基因中。检测到的其他基因组变异如基因组拷贝数变异、点突变等，但与插入位点无关。另外，转录组结果表明，全局的基因表达量变化主要与拷贝数相关，而非插入位点。当前的研究结果表明，CAR T 细胞虽然具有良好的安全性记录，但仍需谨慎和定期随访患者，特别是使用新的转基因方法进行免疫治疗时。在全基因组测序数据分析中，研究者使用 Sentieon 软件进行比对及变异检测等相关分析处理。

综上所述，研究者使用 piggyBac 转座子系统构建了 CAR T 细胞，通过对两例淋巴细胞瘤恶性转化患者的研究，发现转基因并没有整合到已知的癌基因中。使用靶向捕获测序没有检测到明显的致癌驱动序列变异，而观察到了癌基因和抑癌基因广泛的拷贝数变化。该研究结果为其他探索将新的基因修饰方法应用于 CAR T 细胞生产的人员来说，具有警示作用。

临床试验系列文章-2

• 标题（英文）：Neoantigen Load as a Prognostic and Predictive Marker for Stage II/III Non-Small Cell Lung Cancer in Chinese Patients

• 标题（中文）：新抗原负荷作为中国非小细胞肺癌 II/III 患者的预后和预测标志物

• 发表期刊：Research Square

• 作者单位：浙江肿瘤医院等

• 发表年份：2020

• 文章地址：https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-130886/v1
  

II/III 期非小细胞肺癌 （NSCLC） 的预后即使在完全肿瘤切除和辅助化疗后也不令人满意。具有高免疫原性的肿瘤被定义为“热肿瘤”，并与免疫疗法的临床益处相关。在本研究中，研究者评估了免疫基因组特征和基因突变特征对中国 II/III 期非小细胞肺癌患者的预后和预测价值。研究发现，高肿瘤突变负荷（TMB，>4 个突变/Mb）与 NSCLC 患者的无病生存期更好相关，尽管在鳞状细胞肺癌和肺腺癌亚组中没有这种关联。此外，在低 NAL 亚组的鳞状细胞肺癌患者中，较高的新抗原载量（NAL，>2 个新抗原/Mb）在辅助化疗后表现出更好的无病生存期和生存获益，但在肺腺癌亚组中则没有。高 DNA 损伤修复（DDR）指数（基因突变发生在至少三种不同的 DNA 修复途径中）与高 NAL 数量和鳞状细胞肺癌的良好无病生存期相关，但在肺腺癌患者中则不然。然而，单个基因、癌基因通路和抗原呈递机制基因的突变，以及人白细胞抗原（HLA）-I 数和 HLA-I 杂合性丧失（LOH）对鳞状细胞肺癌或肺腺癌患者的无病生存期没有预后或预测价值。在配对样本 WES 数据分析部分，研究者使用 Sentieon 软件进行去重复、INDEL 重比对、BQSR 及使用 Sentieon TNseq 模块进行 somatic 突变检测。

综上所述，研究表明，在中国患者中，较高的新抗原负荷（NAL）可改善鳞状细胞肺癌（SCC）的无病生存期，但不能改善肺腺癌（ADC）的无病生存期。在 NAL 较低而 ADC 较低的 SCC 患者中，辅助化疗可改善其生存期。目前的数据显示，NAL 是肺 SCC 预后和化疗反应预测的生物标志物。要证实这些数据，还需要在多个机构进行更大样本量的进一步研究。

Sentieon 软件介绍

Sentieon 为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于 BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard 等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升 WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA 等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。

Sentieon 软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。

截至 2023 年 3 月份，Sentieon 已经在全球范围内为 1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如 NEJM、Cell、Nature 等广泛引用，引用次数超过 700 篇。此外，Sentieon 连续数年摘得了 Precision FDA、Dream Challenges 等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。

软件试用：https://www.insvast.com/sentieon