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用不了 AlphaFold2?北鲲云高性能计算平台解决这个问题

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发布于: 1 小时前

蛋白质生物细胞内的机器,要想知道“机器”的工作过程,就要先了解其结构和组成。比如说,如果想要知道某个蛋白在疾病当中有什么作用的话,就需要了解他的结构,再通过设计药物分子来抑制它的功能,降低机器的工作效率。在研究基因调控,蛋白结构和功能的时候,重组蛋白表达技术是关键的一环,但用什么实验可以破解蛋白质的结构,想要破解一个其中需要耗费的人力和物力都是巨大的,在全世界的努力下,才解析了 5 万个人类蛋白质结构,只占了人体蛋白质总数的 35%,其未来需要做的工作量依旧很巨大。

在历史上蛋白质预测已经走过很长的一段路了,每两年蛋白质结构预测比赛都已经举办有二十多年了,在这个过程中每个参赛组别之间的差距只有百分之几,慢得几乎看不出来变化,直到 2018 年的时候,第一名以领先第二名近 20%的成绩轰动世界,AlphaFold 正式登上蛋白质结构预测的舞台。

AlphaFold 主要是通过预测蛋白质主链和氨基酸之间的距离,分布,然后用预测的结果构建打分函数,再用片段组装的方法推导蛋白质结构。也就是这种方式点燃了整个行业的热情,用春雨惊雷般的气势,注入了勃勃生机。

如今,AlphaFold2 向社会免费提供所有的蛋白质预测结果,这是造福全世界的一项举动,各个国家的科研人员都可以节省预测时间,从而有更多的时间分析结构,进行药物设计。尽管如此,另外一个难题摆在众多科研人员的眼前,数据库有了,但怎么能够从里面快速,方便地找到自己需要的数据呢?

因为数据庞大 AlphaFold2 对于配置的要求非常高,3T 以上的硬盘,12 个虚拟的 CPU,至少 85GB 的内存,一个价值至少在 7 万元的 Nvidia A100,面对这些重重困难,研究人员应该如何使用 AlphaFold2 呢?

北鲲云超算平台协助解决这个问题,如今北鲲云超算平台已经成功上线 AlphaFold2,无需安装,在浏览器就可以直接使用,并且在启动工作站的同时,加载 AlphaFold2 模板,随之开始进行蛋白质结构预测。

北鲲云高性能计算平台还部署 Nvidia A100 和 Nvidia V100 GPU,保障蛋白质预测工作的高速完成。而平台贴心的 7*24 小时服务更是让使用无忧,无论在什么时候使用发现问题,都可以寻求帮助,让科研顺利进行。

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还未添加个人签名 2021.06.15 加入

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