Sentieon 应用教程:本地使用 -Quick_start
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1、准备工作:
License 下载链接:ttp://www.sentieon.com/eula/b703e839c8c7c5b8fa73238277fd5da23a0276be54712edb46ee8f4d4f3d873fbf
软件下载地址:
ttps://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics-202308.03.tar.gz
测试数据 Quick_start:
ttps://sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sentieon_quickstart.tar.gz
2、检查 License 是否可用:
<SENTIEON_DIR>为软件 sentieon-genomics-202308.03.tar.gz 的解压地址;
<LICENSE_FILE>为 License 下载后解压地址。
根据以上下载解压后使用如下命令启动 License server:
<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>
在当前目录下生成 licsrvr.log,检查日志文件是否有错误,无误后进行下一步。
3、修改主脚本 sentieon_quickstart.sh
软件路径修改:SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>
内存分配修改:export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>
<libjemalloc.so.2>是一个内存分配器,在不同的 Linux 系统中有不同的位置,在进行修改前可进入目录查看是否存在,若不存在,需要进行安装 jemalloc,对于不同的操作系统,不同的安装命令如下:
•RHEL/CentOS 8.x:
yum install epel-release
yum install jemalloc
默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2•RHEL/CentOS 7.x:
yum install epel-release
yum install jemalloc
默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1•Ubuntu 20.04 & 22.04:
apt update
apt install libjemalloc2
默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2•Ubuntu 18.04:
apt update
apt install libjemalloc1
默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
若对于没有预构建软件包的其他系统,请参考 jemalloc GitHub 页面(ttps://github.com/jemalloc/jemalloc) 以获取有关如何构建和安装 jemalloc 的更多信息。
为方便使用,可在环境变量中在加载 jemalloc 库到 Sentieon 中:
###永久添加
vi ~/.bashrc #进入环境变量
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加环境变量代码,具体路径可根据相应位置修改,保存后退出
source ~/.bashrc
以上需要对 Linux 较为熟悉,如后续报错可自行修改。否则建议在主脚本 sentieon_quickstart.sh 中,添加以下命令;
例如,在 CentOS 8.x 系统上,在运行 Sentieon 工具之前,您可以使用以下命令设置环境变量:
vi sentieon_quickstart.sh ##编辑脚本export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改对应位置的路径,保存后退出
4、运行 sentieon_quickstart.sh
nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log,结果文件全在result目录下。
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