Sentieon 应用教程：本地使用 -Quick_start

1、准备工作：

License 下载链接：ttp://www.sentieon.com/eula/b703e839c8c7c5b8fa73238277fd5da23a0276be54712edb46ee8f4d4f3d873fbf

软件下载地址：

ttps://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics-202308.03.tar.gz

测试数据 Quick_start:

ttps://sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sentieon_quickstart.tar.gz

2、检查 License 是否可用：

<SENTIEON_DIR>为软件 sentieon-genomics-202308.03.tar.gz 的解压地址；

<LICENSE_FILE>为 License 下载后解压地址。

根据以上下载解压后使用如下命令启动 License server：

<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>

在当前目录下生成 licsrvr.log，检查日志文件是否有错误，无误后进行下一步。

3、修改主脚本 sentieon_quickstart.sh

软件路径修改：SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>

内存分配修改：export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>

<libjemalloc.so.2>是一个内存分配器，在不同的 Linux 系统中有不同的位置，在进行修改前可进入目录查看是否存在，若不存在，需要进行安装 jemalloc，对于不同的操作系统，不同的安装命令如下：

•RHEL/CentOS 8.x:

yum install epel-release

yum install jemalloc

默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2•RHEL/CentOS 7.x:

yum install epel-release

yum install jemalloc

默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1•Ubuntu 20.04 & 22.04:

apt update

apt install libjemalloc2

默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2•Ubuntu 18.04:

apt update

apt install libjemalloc1

默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1

若对于没有预构建软件包的其他系统，请参考 jemalloc GitHub 页面（ttps://github.com/jemalloc/jemalloc) 以获取有关如何构建和安装 jemalloc 的更多信息。

为方便使用，可在环境变量中在加载 jemalloc 库到 Sentieon 中：

###永久添加

vi ~/.bashrc #进入环境变量

export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加环境变量代码，具体路径可根据相应位置修改，保存后退出

source ~/.bashrc

以上需要对 Linux 较为熟悉，如后续报错可自行修改。否则建议在主脚本 sentieon_quickstart.sh 中，添加以下命令；

例如，在 CentOS 8.x 系统上，在运行 Sentieon 工具之前，您可以使用以下命令设置环境变量：

vi sentieon_quickstart.sh ##编辑脚本export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改对应位置的路径，保存后退出

4、运行 sentieon_quickstart.sh

nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log，结果文件全在result目录下。