Sentieon 安装时 jemalloc error 解决办法
背景
Sentieon 建议使用 jemalloc 来改善 Sentieon 应用程序中的内存管理和整体性能,尤其是 Sentieon bwa-mem。有时在安装运行过程中会出现报错:
ERROR: ld.so: object '/usr/lib64/libjemalloc.so.2' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Failed to contact the license server at 10.10.10.1:8990
Jemalloc 是一个内存分配器,针对多线程方案中的高内存分配性能和更少的内存碎片进行了优化。可通过以下办法,修复这个 ERROR。有关 jemalloc 的更多信息,请参考 https://github.com/jemalloc/jemalloc
安装步骤
Sentieon 建议安装一个预构建包,用户可能需要 root 访问权限才能完成安装。
RHEL/CentOS 8.x
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默认情况下,安装在
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RHEL/CentOS 7.x
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默认情况下,安装在
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Ubuntu 20.04
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默认情况下,安装在
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Ubuntu 18.04
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默认情况下,安装在
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没有预构建软件包的其他系统,请参考 jemalloc GitHub 页面,https://github.com/jemalloc/jemalloc以获取有关如何构建和安装 jemalloc 的更多信息。
在 Sentieon 流程中加载 jemalloc
可以使用环境变量在运行时加载 jemalloc 库到 Sentieon 中。
例如,在 CentOS 8.x 系统上,在运行 Sentieon 工具之前,您可以使用以下代码设置环境变量:
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